Ο Τομέας Ιστορίας Νεοτέρων Χρόνων περιλαμβάνει την έρευνα, μελέτη και διδασκαλία της Νεότερης Ελληνικής, Βαλκανικής, Ευρωπαϊκής και Παγκόσμιας Ιστορίας και διαιρείται σε δύο ενότητες:
  • Νεότερη Ελληνική Ιστορία: Πραγματεύεται την πολιτική, κοινωνική και οικονομική ιστορία του Νεώτερου Ελληνισμού, καθώς και την ιστορία των θεσμών, από την περίοδο της Βενετοκρατίας και Οθωμανικής κυριαρχίας ως την οργάνωση και την λειτουργία του Νεοελληνικού κράτους από τα πρώτα χρόνια μέχρι την σύγχρονη εποχή.
  • Νεότερη Ευρωπαϊκή και Παγκόσμια Ιστορία: Καλύπτει όλες τις πτυχές της νεώτερης ιστορίας της Ευρώπης και αναφέρεται σε σημαντικά γεγονότα και θέματα της παγκόσμιας ιστορίας στην ίδια περίοδο.

-Στα πλαίσια της συνεργασίας του Τομέα Νεώτερης Ιστορίας με τον Τομέα Λαογραφίας λειτουργεί Εργαστήριο Προφορικής Ιστορίας και Ιστοριών ζωής με σκοπό την εκμάθηση και χρήση της προφορικής ιστορίας για τους σκοπούς της επιστημονικής έρευνας.

- Ο Τομέας φιλοξενεί τα Αρχεία του Εφετείου και του Υποθηκοφυλακείου Ιωαννίνων, συμβολαιογραφικά έγγραφα, εκκλησιαστικά και μοναστηριακά αρχεία, καθώς και πλούσιο φωτογραφικό και άλλο έντυπο υλικό, όπως ημερολόγια και εφημερίδες ελληνόγλωσσες και ξενόγλωσσες.

- Ο Τομέας στα πλαίσια του προγράμματος πρακτικής άσκησης του Πανεπιστημίου, παρέχει στους προπτυχιακούς φοιτητές τη δυνατότητα πρακτικής άσκησης σε αρχεία, βιβλιοθήκες και άλλους επιστημονικούς φορείς της Ηπείρου αλλά και σε άλλες περιοχές της Ελλάδας.

- Στα πλαίσια των διμερών πανεπιστημιακών συνεργασιών ERASMUS ο Τομέας συνεργάζεται με το Πανεπιστήμιο Versailles - Saint - Quentin - en - Yvelines, ενώ βρίσκονται στον στάδιο της έγκρισης συνεργασίες και με άλλα ευρωπαϊκά πανεπιστήμια.

- Κατά το τρέχον ακαδημαϊκό έτος διευθυντής του τομέα είναι ο αναπληρωτής καθηγητής κ. Γ. Νικολάου.